Para instalarlo tan sencillo como:
Una vez descargado el .bin abrimos una consola y primero le damos permiso ejecución (x) al paquete:
$ chmod +x PacketTracer53_i386_no_tutorials_installer-deb.bin
Una vez que el paquete tiene los permisos necesarios procedemos a ejecutarlo con la orden punto (.) y /:
./PacketTracer53_i386_no_tutorials_installer-deb.bin
Nos pedirá que demos “Enter” para leer la licencia del paquete y una vez que demos “YES” vamos a ver algo como esto:
http://tic-rex.com